2020
2019
2018
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2018.12.11
講演
藤渕教授がiPS細胞ビジネス協議会第30回情報交換会(2018年12月11日)にて講演を行いました。演題:「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待」
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2018.12.10
講演
藤渕教授が日本製薬工業協会医薬品評価委員会第127回基礎研究部会総会(2018年12月10日)にて講演を行いました。演題:「幹細胞と機械学習を用いた化学物質の安全性評価」
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2018.11.13
講演
藤渕教授がHCA Asia Meeting 2018(2018年11月11-13日)にて発表を行いました。演題:「Quality Assessment of Stem and Differentiated Cells for Regenerative Medicine by International Stem Cell Bank Initiative」
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2018.10.09
講演
藤渕教授がCBI学会2018年大会(2018年10月9-11日)のフォーカストセッションにて発表を行いました。演題:「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISCへの招待」
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2018.10.05
学会
D2の陳さんがトーゴーの日シンポジウム2018(2018年10月5日)でポスター発表をしました。演題:「SHOGoiN:1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース」
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2018.10.02
研究会
ベルリンにて10月1日-2日に開催されましたベルリン医科大学との共同研究のワークショップに参加しました。
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2018.10.02
論文
山根研究員の論文が谷本学校 毒性質問箱 に掲載されました。
タイトル:「ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測」
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2018.09.26
学会
D3の小櫻さんと高橋さん、D2の陳さんが第7回生命医薬情報学連合大会(2018年9月19日-21日)でポスター発表をしました。演題 :「遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発」(小櫻)、「遺伝子発現データと転移学習を用いた畳み込みニューラルネットワークによる小規模データセットのための毒性予測システム」(高橋)「Body-wide Tissue Analysis to Identify Differential And Core Epithelial Transcriptome
」(陳)
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2018.09.26
学会
D3の小櫻さんと高橋さんが第55回バイオ情報学研究会(2018年9月18日)で口頭発表を行いました。演題 :「遺伝子モジュールに基づく細胞間類似度算出法の開発」(小櫻)、「少ない遺伝子発現データを活用するための畳み込みニューラルネットワークと転移学習による毒性予測システム」(高橋)
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2018.07.18
講演
藤渕教授が第45回日本毒性学会学術年会(2018年7月18-20日)で講演を行いました。演題:「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム(scChemRISC)の活動」
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2018.06.30
講演
山根研究員がNHK文化センター京都教室「1からわかるiPS細胞」で6月30日にレクチャーを行いました。演題:「幹細胞を使って化学物質の毒性を予測する」
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2018.06.25
講演
藤渕教授がISCBI Annual Workshop(2018年6月24-25日)で講演を行いました。
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2018.06.23
掲載
髙橋さん(D3)の寄稿文がComputational Toxicologyに掲載されました。タイトル:「Stem Cell-Based Methods to Predict Developmental Chemical Toxicity」
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2018.06.04
論文
東京大学との共著論文がGenes and Environment に掲載されました。
[Title]Does the prenatal bisphenol A exposure alter DNA methylation levels in the mouse hippocampus?: An analysis using a high-sensitivity methylome technique
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2018.06.01
論文
山根研究員の論文がYAKUGAKU ZASSHI に掲載されました。
タイトル:「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物予測システムの構築」
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2018.05.25
講演
藤渕教授がOPENTOX ASSOCIATION主催のOPENTOX ASIA 2018(2018年5月24-25日)で講演を行いました。演題:「scChemRISC: A Japanese consortium for sharing chemical risk information assessed by gene networks of human stem cells and machine learning」
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2018.05.24
学会
D3の高橋さんがOPENTOX ASIA 2018(2018年5月24-25日)でポスター発表をしました。[Title] Deep learning approaches for toxicity prediction of drugs with small-scale gene expression data
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2018.05.24
講演
藤渕教授がHAB研究機構主催の第25回学術年会(2018年5月24-26日)で講演を行いました。演題:「ヒト未分化細胞を用いた化合物安全性評価予測の実際」
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2018.04.23
研究会
ベルリン医科大学との共同研究のワークショップJapan-Germany International Workshop 2018-1 The Human Cell Type Authentication Initiative”を4月23日、24日に実施しました。
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2018.04.01
コンソーシアムプレス
システム・バイオロジー研究機構と幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化に関する共同研究契約を締結しました。
掲載:産経WEST、岩手日報、日本経済新聞、日刊工業新聞
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2018.03.22
学会
湯地研究員が第17回日本再生医療学会総会で口頭発表しました。演題:「ヒト細胞の明確な分類および細胞認定法の確立」
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2018.02.21
学会
湯地研究員がメディカルジャパン2018アカデミックフォーラム第5回再生医療産業化展で口頭発表とポスター発表しました。演題:「医療・創薬分野をサポートする統合ヒト細胞情報データベースSHOGoiN」
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2018.02.21
掲載
山根研究員の寄稿文がILSI JAPAN No.133に掲載されました。タイトル:「ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて」
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2018.02.19
論文
藤渕教授らの論文がBiochemical and Biophysical Research Communications に掲載されました。
[Title] Human AK2 links intracellular bioenergetic redistribution to the fate of hematopoietic progenitors
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2018.02.16
コンソーシアム
第一回幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム研究会を開催しました。 詳細はこちら
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2018.02.09
講演
藤渕教授が公開シンポジウム『予防を科学する炎症細胞社会学』で講演しました。演題:「単一細胞レベルでのヒト正常細胞データベースと細胞情報解析の実際」
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2018.01.15
掲載
山根研究員の研究紹介がCiRA Newsletter Vol.32に掲載されました。
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2018.01.09
論文
藤渕教授らの論文がStem Cell Reports に掲載されました。
[Title] A Standard Nomenclature for Referencing and Authentication of Pluripotent Stem Cells
2017
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2017.12.26
掲載
藤渕教授の研究紹介が京都新聞朝刊1面に掲載されました。タイトル:「いのちとの伴走 iPS細胞誕生10年 第6部 変わる生の形⑤」
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2017.12.20
論文
山根研究員の論文がYAKUGAKU ZASSHIにアクセプトされました。
タイトル:「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物予測システムの構築」
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2017.12.15
研究会
平成29年度 JSBi生命システム理論研究会(AMED再生医療実現拠点ネットワーク併催)を開催しました。
- 2017.12.01 講演 藤渕教授がHCA ASIA MEETING OKINAWA JAPANで講演しました。
[Title] SHOGoiN database
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2017.11.06-08
学会
森研究員、湯地研究員、D2の小櫻さんと髙橋さんがCiRA 2017 International Symposiumでポスター発表をしました。
演題はこちら
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2017.10.27
コンソーシアム
10月27日に「幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化」拡大コンソーシアム説明会を開催しました。 詳細はこちら
掲載:京都新聞、毎日新聞
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2017.10.20
講演
藤渕教授がバイオチップコンソーシアム(JMAC)主催のワーキンググループで講演を行いました。
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2017.10.17
講義
藤渕教授が京都大学 薬学研究科マルチメディア講義室(南部キャンパス)で「バイオインフォマティクス理論(薬学研究科)」の講義を行いました。講義タイトル:「幹細胞と機械学習を用いた化合物発達毒性予測とヒト細胞データベースの活用」
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2017.10.05
シンポジウム
山根研究員がトーゴーの日シンポジウム2017でポスター発表しました。演題:「1細胞解析に有効なヒト細胞情報データベース「SHOGoiN」」
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2017.09.26-29
学会
9月26日にD2の小櫻さんと髙橋さんが情報処理学会 第51回バイオ情報学研究会 (SIGBIO)で口頭発表を、9月28日にD1の陳さんが第6回生命医薬情報学連合大会でポスター発表をしました。 演題はこちら
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2017.09.15
学会
教務補佐員の谷山さんが日本遺伝学会第89回大会で口頭発表しました。演題:「1細胞DNAメチローム解析による細胞個体差のエピジェネティック解析」
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2017.09.08
掲載
髙橋さん(D2)の寄稿文が医学のあゆみに掲載されました。タイトル:「ES細胞と遺伝子ネットワークを用いた機械学習による毒性予測システム」
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2017.09.06
論文
宮城県立がんセンターとの共著論文がScientific Reports に掲載されました。
[Title] Long non-coding RNA HOTAIR promotes cell migration by upregulating insulin growth factor-binding protein 2 in renal cell carcinoma
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2017.08.18
論文
藤渕教授らの論文がSTEM CELLS Translational Medicine に掲載されました。
[Title] Report of the International Stem Cell BankingInitiative Workshop Activity: Current Hurdles andProgress in Seed-Stock Banking of Human PluripotentStem Cells
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2017.08.10
シンポジウム
短期交流学生(アムジェン・スカラーズ・プログラム)のSappingtonさんがAMGEN SCHOLARS JAPAN SYMPOSIUM 2017でBEST PRESENTATION AWARDを受賞しました。[Title] Improving models of cell type domains with machine learning and scRNA-Seq
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2017.08.10
就任
藤渕教授が株式会社オリゴジェンの科学アドバイザーに就任しました。
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2017.07.19
講義
藤渕教授が京都大学 学術情報メディアセンターで「計算科学が拓く世界」の講義を行いました。講義タイトル:「生命科学-幹細胞内の遺伝子ネットワーク計算と機械学習により推測される生体情報」
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2017.07.14
講演
藤渕教授が7月14日にILSI Japan主催の食品リスク研究部会で講演しました。講義タイトル:「ヒトES/iPS細胞を用いた新しい簡易毒性試験とコンソーシアムの実現に向けて」
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2017.07.07
講演・シンポジウム
藤渕教授が7月7日に理化学研究所主催のシングルセル サイエンス シンポジウムで講演とパネルディスカッションをしました。[Lecture title] "SHOGoiN", a Human Cell Type Database Based on Single-Cell Data and Beyond
森研究員が口頭発表を、山根研究員、湯地研究員、D2の小櫻さんと髙橋さんがポスター発表をしました。 演題はこちら
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2017.06.27-29
学会
山根研究員と森研究員が第12回国際ゲノム会議(12AGW)でポスター発表をしました。
演題はこちら
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2017.06.19
論文
斎藤潤研究室、中畑研究室との共著論文がPLOS ONEに掲載されました。
[Title] Microarray analyses of otospheres derived from the cochlea in the inner ear identify putative transcription factors that regulate the characteristics of otospheres
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2017.04.27
掲載
藤渕教授の研究紹介がCiRA Reporter Vol.10に掲載されました。
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2017.04.15
講演
山根研究員が安全性評価研究会 2017年 春のセミナーで講演しました。演題:「ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測」
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2017.03.25
講演
山根研究員が日本薬学会第137年会で講演しました。演題:「ヒトES細胞を用いた高精度の化合物毒性予測システムの構築」
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2017.03.09
論文
東京大学との共著論文がBMC Molecular Biologyに掲載されました。
Title: Methylated Site Display (MSD)-AFLP, a sensitive and affordable method for analysis of CpG methylation profiles
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2017.02.06
論文
山根研究員、桜井研究員、森研究員それぞれの論文がGenomics and Computational Biologyに掲載されました。Titleはこちら
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2017.01.18
講義
藤渕教授が1月18日に京都大学 学術情報メディアセンターで「計算科学が拓く世界」の講義を行いました。講義タイトル:「生命科学-幹細胞内の遺伝子ネットワーク計算と機械学習により推測される生体情報」
2016
2015
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2015.12.18
学会
山根研究員がPacifichem 2015にて口頭発表しました。演題:Enhanced-scRRBS for Massive Single Cell Methylome Analysis Towards in silico 3D-Reconstructions of Mouse and Human Tissues.
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2015.12.9
掲載
藤渕教授へのインタビューがPhronesis 14に掲載されました。演題:「iPS細胞が幸せな社会をつくる」
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2015.12.8
掲載
桜井研究員の寄稿文が海洋化学に掲載されます。タイトル:「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」
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2015.12.2
講演
藤渕教授が第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会BMB2015で講演しました。演題:「幹細胞データベース間における情報共有と1細胞解析データの重要性」
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2015.11.27
研究会
平成27年度 JSBi生命システム理論研究会(AMED再生医療実現拠点ネットワーク併催)を開催しました。
- 2015.10.31 学会 桜井研究員が生命医薬情報学連合大会2015年大会で口頭発表し、研究奨励賞を受賞しました。演題:Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy.
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2015.10.29-31
学会
桜井研究員、技術補佐員の小林さん・岡西さんが生命医薬情報学連合大会2015年大会でポスター発表しました。
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2015.9.19
学会
教務補佐員の谷山さんが日本動物学会第86回大会2015新潟で口頭発表しました。演題:「マウス初期胚を用いた全個体1細胞解析」
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2015.9.15
講演
藤渕教授が日経バイオテク プロフェッショナルセミナーで講演しました。演題:「人体を構成する細胞を2000に分類して、創薬スクリーニングに活かす」
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2015.9.8
学会
桜井研究員がPRIVAGEN 2015でポスター発表しました。演題:Minimum Information Guideline for Regenerative Medicine and Genome Privacy.
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2015.7.2
掲載
藤渕教授のインタビュー記事が日経バイオテクONLINEに掲載されました。
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2015.5
論文
バイオチップコンソーシアムとの共著論文がAnalytical Biochemistryに掲載されました。Title: A set of external reference controls/probes that enable quality assurance between different microarray platforms
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2015.5.20-22
学会
山根研究員が第11回ゲノム会議にてポスター発表を行いました。
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2015.2.7
講演
藤渕教授が京都化学者クラブで講演しました。演題:「iPS細胞と元素周期表の密接な関係」
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2015.1
論文
藤渕教授らの論文がPlant Cellに掲載されました。Title: Oil Accumulation by the Oleaginous Diatom Fistulifera solaris as Revealed by the Genome and Transcriptome
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2015.1.15-17
学会
桜井研究員、山根研究員が第18回武田科学振興財団生命科学シンポジウムにてポスター発表を行いました。
2014
2013
2012
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2012.12
論文
藤渕先生の共著論文がJournal of Molecular Biology Researchに掲載されました。Title: Inference of Specific Gene Regulation by Environmental Chemicals in Human Embryonic Stem Cells
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2012.12
論文
東北大学との共著レビューがCarcinogenesisに掲載されました。Title: Splice isoforms as therapeutic targets for colorectal cancer
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2012.10.21-26
論文
BEST PAPER AWARD 受賞
イタリアで開催されたGLOBAL HEALTH 2012, The First International Conference on Global Health Challenges で藤渕教授と油谷先生の論文がBEST PAPER AWARDを受賞しました。
Title: Application of Structual Equation Modeling for Inferring Toxicity-Dependent Regulation in Human Embryonic Stem Cells
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2012.11.27-28
学会
藤渕教授、田中助教、山根研究員が国際学会International Joint Symposium on Single-Cell Analysisに参加しました。
田中助教と山根研究員が、本国際学会にてポスター発表を行いました。
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2012.10.30-11/2
講演
藤渕教授がBioinformatics week in Odaiba 2012 (BiWO2012)で招待講演を行いました。
[演題] More Massive Data for Single Cell Informatics and Next Generation Drug Discovery
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2012.10
論文
東北大学との招待レビューがExperimental Oncologyに掲載されました。Title: Splice variants in apoptotic pathway
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2012.10.10
講演
藤渕教授が、CiRA Mini-Symposium 2012 -iPS細胞、新しい医学への可能性-にて講演を行いました。
[演題]幹細胞インフォマティクスと新しい創薬毒性予測
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2012.09発刊
出版
藤渕教授が、羊土社より著書を出版しました。
[図書名] バイオ実験に絶対使える 統計の基本Q&A
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2012.7
論文
東京大学との共著論文がToxicology Lettersに掲載されました。Title: Effects of methylmercury exposure on neuronal differentiation of mouse and human embryonic stem cells
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2012.6
論文
東北大学との共著論文がSurgery Todayに掲載されました。Title: Differentiating rectal carcinoma by an immunohistological analysis of carcinomas of pelvic organs based on the NCBI Literature Survey and the Human Protein Atlas database
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2012.6.1
コンテスト
CAMDAコンテストで口頭発表に採択。
CiRA藤渕研と産総研の合同チームがISMB2012サテライトCAMDA2012大量バイオデータ解析コンテストで口頭発表に採択されました。
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2012.4.1
発足
藤渕研究室が発足しました。
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2012.1
論文
東北大学との共著論文がMolecular Science Researchに掲載されました。Title: MiR-126 Acts as a Tumor Suppressor in Pancreatic Cancer Cells via the Regulation of ADAM9